Yngvar Sigurd Heikel syntyi 19. huhtikuuta vuonna 1889 Helsingissä. Hänen vanhempansa olivat opettaja Frans Viktor Heikel, joka tunnetaan työstään suomalaisen voimistelun uranuurtajana, ja Hanna Kihlman, teollisuusmies ja valtiopäivämies Alfred Kihlmanin tytär. Ruotsinkieliseen Heikelin perheeseen syntyi yhteensä yhdeksän lasta, mutta kaksi ensimmäistä menehtyivät jo pieninä. Yngvar oli perheen kuopus ja vanhemmat jo yli nelikymppisiä tämän syntyessä.
Yngvar Heikel opiskeli ylioppilaaksi valmistumisensa jälkeen ensin taloustiedettä ja matematiikkaa, sitten käytännön filosofiaa sekä Suomen ja Skandinavian historiaa Keisarillisessa Aleksanterin-Yliopistossa. Heikel promovoitiin maisteriksi keväällä 1919, samana keväänä, jolloin yliopistokin sai nykyisen nimensä – Helsingin yliopisto.
Yngvar Heikel työskenteli tilastotieteilijänä useissa valtion virastoissa. Vuodesta 1921 eteenpäin hänen työpaikkansa oli Suomen Pankissa. Heikel sai tyttären yhdessä Margit Fribergin kanssa vuonna 1913 ja he menivät naimisiin vuonna 1930.